Entre sus libros más conocidos se destacan:

• El trueno entre las hojas (1953), libro de cuentos de fuerte contenido social.

• Hijo de hombre (1960), su primera gran novela sobre la vida rural paraguaya y sus luchas.

• Yo el Supremo (1974), considerada una de las cumbres de la novela latinoamericana sobre la figura del dictador.

• Vigilia del Almirante (1992), recreación crítica de la figura de Cristóbal Colón.

• El fiscal (1993), que junto con Hijo de hombre y Yo el Supremo integra su trilogía sobre el poder.

A través de estas y otras obras, Roa Bastos convirtió la experiencia histórica del Paraguay en literatura de alcance universal.